Manuela Sáenz se entregó por completo a la obra emancipadora y no descansaría ni un momento en Lima. A partir de octubre de 1823, participó junto con el ejército libertador y asumió nuevas responsabilidades. Aprovechó la oportunidad para demostrar su capacidad organizativa, entereza, fidelidad a Bolívar y a la causa patriótica. Así, despachó la correspondencia con los generales y medía la temperatura política y moral del ambiente, en un entorno predominantemente masculino y cargado de prejuicios. Ella fue consciente de su papel en esta historia.
Pronto recibía cartas y las ordenaba, hablaba con los oficiales y no descansaba en la tarea encargada. Comenzó a concentrar poder sobre los asuntos del Libertador; era una secretaria, una asistente, una representante para llegar a Bolívar. Se posicionó como una mujer de poder, al ser miembro del Estado Mayor del ejército libertador. Y así se fue transformando de guardiana de los archivos a colaboradora política. Su nueva forma de vida requirió realizar modificaciones sustanciales respecto a quienes la rodeaban, pues en un clima adverso para la obra de Bolívar, la seguridad de los círculos cercanos era de cuidado.
La élite aristocrática y patriarcal la llamó despectivamente “La Sáenz”. Esta corriente no cesó de afligirla. Fue la comidilla de una Lima que a diario evocaba un pasado de recato y mojigatería. Estos hechos la empujaron a acelerar su incorporación en las filas del ejército libertador. Pensó que así podría silenciar a la conservadora élite y a sus mujeres, quienes evadían su libertad de pensamiento y actuar político.
A principios de 1824 Bolívar regresa a Lima, donde declara que la situación de la libertad del Perú estaba seriamente comprometida. Luego, el Libertador marchó hacia el norte y se detuvo en el pueblo de Pativilca, donde cayó gravemente enfermo. Al enterarse de la salud quebrantada de su amado, Manuela partió a caballo inmediatamente desde Lima, en compañía del general Necochea. El recorrido fue largo, pero el estar a su lado borraba cualquier distancia. El único obstáculo era el tiempo para llegar cuanto antes hacia él.
La confusa madeja de apetitos y pugnas en la política peruana, azuzada por los españoles y sectores de la Iglesia que habían sido despojados de sus bienes, forzaron a que Manuela adelantara su integración a la campaña militar, junto con el núcleo principal del Gobierno patriota. Así, decidió marchar rumbo a los Andes, donde se llevarían a cabo las más importantes batallas.
Manuela instó a que Bolívar la autorizara a formar parte de la Batalla de Junín y él, quien siempre se había resistido a su participación militar, terminó por aceptar. Las murmuraciones y las habladurías que recorrían todo Lima se avivaron cuando la vieron salir de las murallas, luciendo uniforme militar a manera de hombre y montando a caballo armada con pistolas.
Este hecho causó controversia y remeció los cimientos de la moral católica y la mentalidad patriarcal de la época. La Batalla de Junín estaba próxima. Un triunfo le esperaba al ejército libertador. Manuela no se amilanó ante las dificultades y resolvió continuar el viaje hacia las Pampas de Junín. Sin embargo, el camino era dificultoso: a caballo y acompañada por una tropa, pudo cruzar la cordillera, pero penosamente llegó retrasada.
En las alturas de la cordillera, junto con el núcleo principal del Gobierno, recorrieron trescientos kilómetros por los escarchados Andes, en donde el hielo llega a quemar su rostro y manos. La Batalla de Junín estaba próxima. Un triunfo le esperaba al ejército libertador. Manuela no se amilanó ante las dificultades y resolvió continuar el viaje hacia las Pampas de Junín. Sin embargo, el camino era dificultoso: a caballo y acompañada por una tropa, pudo cruzar la cordillera, pero penosamente llegó retrasada.
La Batalla de Junín del 6 de agosto de 1824 culminó con la victoria patriota y dio inicio a la libertad del Perú. Manuela no pudo contener las lágrimas; una alegría insaciable irradió su rostro. No combatió, pero su valor y eficiencia en las actividades militares desarrolladas le merecieron el reconocimiento. Victoriosa y desafiante se prepara junto al ejército patriota, partir a la gloria de Ayacucho.